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Boyce Thompson Institute推出新的植物基因组编辑数据库

最近开发的基因编辑工具如CRISPR / Cas使植物科学家能够找出无数植物基因的功能。虽然这些研究最终可能导致作物的产生具有改善的特性,如抗病性增加或产量提高,但研究人员首先需要一种很好的方法来跟踪越来越多的结果数据。

Boyce Thompson Institute推出新的植物基因组编辑数据库

为了满足这一需求,Boyce Thompson研究所(BTI;伊萨卡,纽约)的研究人员开发了植物基因组编辑数据库(PGED),作为有效管理植物突变体数据的中央储存库,并提供了一个共享平台的平台。研究界的数据和突变体。最终的希望是,PGED将通过减少不必要的重复实验和促进研究机构之间的合作,从而更有效地利用资源。为了帮助传播关于数据库创建的信息,研究人员最近发表了一篇关于在分子植物杂志上向PGED提交数据的呼吁。

“我们使用CRISPR / Cas制作超过430种不同的品系,而这只是番茄。最初的主要问题是如何跟踪它们,因此这是创建数据库背后的主要动机,” BTI的Greg Martin,与BTI的张俊飞共同作者。“现在,许多植物生物学实验室正在进行CRISPR / Cas研究,每个人都将面临这个问题,”Martin补充道。

第二个动机是分享数据和资源,这是美国国家科学基金会(NSF)授权的一部分,该基金会为PGED的创建提供资金支持。“我们正在努力提高CRISPR / Cas研究的效率,”马丁说。“科学界不能让多个不同的实验室制造相同的突变体。”

冷泉港实验室的教授和HHMI研究员Zach Lippman同意Martin对PGED减少重复工作的潜力。“你可以直接进入数据库,看看别人正在研究你感兴趣的东西,然后向他们询问种子,”他说。Lippman的实验室与茄子科的番茄,地面,辣椒和其他相关物种中的CRISPR / Cas以及拟南芥的一些菌株一起工作。

到目前为止,已有七个研究小组要求马丁提供种子,他的实验室共有21个植物突变体和五个实验室。Martin指出,许多请求都是为了合作,而这正是他认为PGED具有巨大潜力的地方。他说:“我们将发送种子,合作伙伴将进行研究,然后将种子寄回给我们进一步研究。” “这个数据库将促进世界各地的合作。”

事实上,李普曼已经要求马丁提供种子,以实现这种伙伴关系。“我们在植物发育的背景下研究受体基因,而Greg则研究植物免疫反应的一些基因,”Lippman解释说。“我们可以分享种子,看看这些受体在植物免疫反应和整体发育方面是否存在一些交叉生物学。”

虽然Lippman打算将他的实验室的数据提交给PGED,但他表示,一些研究人员可能会犹豫是否在他们的项目完全成熟之前分享未发表的数据。“其他团体之间存在很多竞争,因此可能会有一些犹豫不决的人要完全了解他们正在筹备的事情,”他解释道。“但希望数据库变得如此之大,以至于研究人员感觉他们的新菌株只是另一种突变体,而竞争性质不会太过障碍。”

“格雷格非常愿意分享他的作品,所以我们试图对其进行建模,”利普曼补充道。

PGED目前包含Martin实验室在Martin实验室的博士后科学家张宁编辑的CRISPR / Cas编辑的432个番茄品系中生成的数据。该数据库由Fei博士实验室的博士后科学家Yi Zheng建立,提供有关转化实验,物种多样性,DNA构建体和引物的信息,从而得到后代的表型和种子可用性。张和郑是分子植物出版物的共同第一作者。

Martin指出,虽然CRISPR / Cas产生的细胞系是PGED的主要焦点,但它也可用于其他基因组编辑工具(如大范围核酸酶,锌指核酸酶(ZFN)和转录激活蛋白样核酸酶(TALEN))产生的植物突变体。

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